第15集 用功!神奇宝贝训练家学校!
以卡那兹市为目标的小智一行人，终于来到卡那兹市。立刻与道馆训练家兼神奇宝贝训练家学校老师的杜鹃认识，不过，与训练家战斗前，必须学习关于神奇宝贝各种各样的事。从入门班、竞赛班、博士班，对学校的教育内容制定，都是学生高兴决定的。尤其是小胜，由于校长的好意，将用一天的时间体验这个入门班所有的事。与神奇宝贝无法接触的孩子，和小胜激起竞争，小胜的神奇宝贝训练家学校一日体验开始了！第16集 卡那兹道馆！朝北鼻的秘密武器！
小智等人到达卡那兹市。向丰缘地方第一场道馆挑战赛的日子终于到了。从以前就对比赛绝招华丽度的神奇宝贝华丽大赛有兴趣的小遥，下定决心参加华丽大赛，放弃到道馆挑战比赛。这次成了小智一个人的挑战。为了对抗擅长使用高防御力的岩石系神奇宝贝的道馆训练家杜娟，小智与皮卡丘苦练对岩石系效果优越的绝招「钢铁尾巴」。然而，无法随心所欲使出该绝招的皮卡丘还是陷入了苦战。在杜娟的岩石神奇宝贝朝北鼻的强烈攻击下，皮卡丘到底能不能及时使出新绝招「钢铁尾巴」呢？！
第17集 得文制造股份有限公司!!水舰队的身影!!
打赢了卡那兹道馆的比赛，小智一行人的心早就飞向下一个目的地武斗道馆。等待搭船到武斗岛的期间，一行人决定在卡那兹市分开来自由行动一阵子。小胜在街上认识了从衣服到食品、什么都生产的梦幻公司，得文制造股份有限公司的社长，兹伏奇。喜欢小孩的兹伏奇很欣赏小胜，带小胜到总公司参观，让小胜对一个又一个的新发明大开眼界。这时候，两人发现伪装成社员的可疑男子，展开了跟踪。同一时间，研究所内因为遭窃而一阵骚动。东西是这个男人偷走的吗？他的真实身份究竟是什么？
第18集 哈奇老人与长翅欧—小皮!!
小智一行人想搭上每个月只有几班船的联络船到武斗岛。但是由于小遥的疏失，赶不上最近的班船。小遥为了负起责任，到处寻找开往武斗岛的船只，认识了退休的老船员哈奇。哈奇老人自愿送一行人到武斗岛。但是，等小遥带大家过来时，哈奇老人的态度却是180度大转变，冷淡的赶走一行人。百思不解的一行人，从君莎小姐那里听来令人担忧的消息。上次躲在得文公司的水舰队的人，听说就躲在这附近，打算与同伴会合。企图在海上与同伴会合的水舰队的男子，与拥有私人船只的哈奇老人的变化，二者似乎有某种关联。一行人抱着这样的想法，赶紧回到哈奇老人的地方。到底，哈奇老人与水舰队之间有什么样的关系？小智等人是否能够抓住水舰队呢？
第19集 逃离巨牙鲨之岛!!
为了出席下一场道馆的战斗，小智一行人乘着哈奇老人的小船朝着武斗岛移动。可是一行人却来到了无人岛，小遥和小胜跑到了海中玩水，却突然遭到一大群「凶暴神奇宝贝」巨牙鲨的包围，但幸好被皮卡丘救回了性命。夜晚，一行人在海边用餐，发现了几只巨牙鲨徘徊在岸边，一行人不以为然。隔早，莲叶童子被巨牙鲨咬了去，才发现巨牙鲨已经受了伤，小刚彻夜照顾牠。突然！！火箭队又出现了，将皮卡丘抓了去！！小智能将皮卡丘救出吗？？他们能逃离这座岛吗？？
第20集 武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场！
为了尽快得到丰缘地方的第二个道馆徽章，小智等人来到道馆门口。然而，道馆训练家藤树却拒绝小智的挑战，跑出去冲浪。斗志高昂的小智气不过去，一直纠缠着藤树，最后终于如愿以偿。小智认定藤树是只晓得玩冲浪的吊儿啷当的人物，所以对这场比赛充满了自信。可是面对小智来势汹汹的攻击，藤树的神奇宝贝却运用冲浪中练出来的身手，很轻松的就化解小智的攻击。小智急得失去判断情况的能力，依然采用硬攻的方式，结果…
第21集 刺尾虫对决！哪边会赢呢！？
在武斗道馆之战里面，小智被道馆训练家藤树打倒，感受到自己实力的不足，决定在武斗岛暂时修行一段时间。然而在那个时候，出现了企图夺走小智等人的神奇宝贝的火箭队！小智等人好不容易将火箭队赶跑，但是回过神来却注意到，小遥的刺尾虫跟火箭队的刺尾虫在混战中弄混了！刺尾虫是小遥第一次收服，细心照料的神奇宝贝，想到自己的刺尾虫被迫与卑鄙的火箭队待在一块儿，小遥就非常的不安。忍住盈眶的泪水，小遥拼命奔走寻找火箭队…。
第22集 大吾，可可多拉，波士可多拉！
为了武斗道馆而继续旅行了小智一行人，正在商讨着大吾的事情而来到了「岩石洞窟」，却意外掉入了火箭队所设下的陷阱。但是那个时候，周围的地面却陷了下去。一行人和火箭队一起掉进的洞穴的最深处。而在小胜的周围，皮卡丘和喵喵聚在一起。好像所有人都分散了。小智、小刚、小次郎在一起，而小遥和武藏在一起，寻找出口的活动开始了。「铁铠神奇宝贝」可可多拉就居住在这危险的洞穴里，争吵不停的３组联合起来，能逃出洞窟吗！？小智能和大吾相遇吗！？
第23集 海边的狂暴者，龙虾小兵登场！
小智一行人，在武斗岛边架设帐篷，继续着神奇宝贝的修行。那个时候，沙中突然出现的未知生物，袭击了小智一行人。打算捕获牠的小智，却因为牠的强大力量，而失败了。而且那个生物，还把帐篷给弄倒了。被吓到的小智，燃起的捕获谜的生物的欲望，决定揭发未知生物的原形。静静等待的夜晚的到来。于是当天晚上，未知生物还是出现了！！小智能顺利捕获未知生物吗！？
第24集 跑吧小智！穿越利牙鱼之河！
加入了新伙伴「无赖神奇宝贝」龙虾小兵，小智一行人持续着在武斗岛的旅行和学习。在与火箭队的战斗中，龙虾小兵却发烧了。龙虾小兵得回到神奇宝贝球里，但是，神奇宝贝球放在露营的帐篷内。小智打算到神奇宝贝中心请求支持，于是背起龙虾小兵开始跑！但是，到神奇宝贝中心得经过的河却没有桥。而且，这河里还居住了很多「野蛮神奇宝贝」利牙鱼。。。小智能够打败这些利牙鱼吗！？
第25集 秘密之水池！好多的水跃鱼！？
为了打败武斗道馆的道馆训练家藤树，持续旅行的小智一行人，把锻炼自己和寻找珍奇的神奇宝贝当为目标，而来到了一座沼泽。一行人和「沼鱼神奇宝贝」水跃鱼以及沼泽的主人认识。不管什么，来到这里的都得将初学者用的蛋送回培育的地方？向来以打工谋生的小刚倍感兴趣，这时打算夺走水跃鱼的火箭队出现了！然后管理水量的控制器却出了问题，水跃鱼群们被大量的水冲走了！！到底小智一行人得怎样面对这个危机！？并且保护水跃鱼群们呢！？
第26集 长鼻叶族的袭击
在某个洞窟做修行的小智等人，不小心激怒了在洞窟睡觉的大声神奇宝贝吼爆弹。在急于逃离吼爆弹追打的情况下，小智等人居然与皮卡丘他们走失了。而此时，勉强逃到外面的皮卡丘等神奇宝贝也拼命的想寻找小智。神奇宝贝们虽然受伤了，还是以出去远足的心情往森林前进。但是，突然的，四周响起奇特的草笛声。皮卡丘他们像中了催眠术一样，开始在同样的地方打转起来。神奇宝贝们的身上是出什么事了？！还有，这个吹草笛的，到底是谁？？
第27集 火岩队对抗水舰队,秘密基地的战斗!
以突破武斗道馆为目标，而持续修行的小智等人，在某个洞窟里面发现了少年和辉的秘密基地。和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想篡夺和辉的秘密基地，却突然出现神秘的一队人马，火岩队，占据了这个基地。火岩队在秘密基地内开始挖洞，挖到很深的地方时，火箭队看火岩队的情况，认定此地必有宝物，遂在后头紧跟上来。而从和辉口中得知详情的小智等人，为了抢回洞窟，又折返回来…
第28集 狩猎凤蝶与毒粉蝶!进化之后!
小智等人今天依然在武斗岛努力修行。企图抢走一伙人的神奇宝贝的火箭队，又跑来闹事。在格斗中，小遥的「蛹神奇宝贝」甲壳蛹进化成「蝴蝶神奇宝贝」狩猎凤蝶了！！其进化令小遥高兴极了。然而，火箭队的武藏却不高兴极了。因为她所疼爱的蛹神奇宝贝盾甲茧一点要进化的迹象也没有。败给小智等人之后，武藏也燃起了竞争意识，对盾甲茧展开特训，偏偏盾甲茧实力太强，火箭队的人所拥有的神奇宝贝根本不是它的对手。为了让重要的盾甲茧进化，武藏只好寻找厉害的神奇宝贝来磨练，以再度向小智等人挑战。
第29集 勾魂眼的惊奇
今天小智等人依然在武斗岛继续修行。个性火爆的问题专家，龙虾小兵的行为使大家有点头痛。小智想训练龙虾小兵的合作精神，决定到废弃的金矿里去玩试胆游戏。他想吓吓龙虾小兵，使它乖一点。扮演鬼怪的小遥与小胜埋伏在金矿中，龙虾小兵不知情的进去了…。另一方面，火箭队为了寻宝来到金矿里面，受到眼光发亮的某个东西的攻击！！那是真正的妖怪吗？小遥与龙虾小兵的命运将会如何呢？
第30集 格斗少女与玛沙那!暴风雨之中!!
为了再次挑战武斗道馆的道馆训练家藤树而持续修行的小智等人，遇到自称藤树头号弟子的格斗少女小忍的挑战！！虽然她自称是头号大弟子，但是如同过去的小智，小忍只是一昧的使出力量来猛攻。相较于小忍，经过修行的小智在化解攻势时就显得很稳重。但是，藤树却突然插进来为决斗喊停。原来他是来提醒一行人，台风已经来到附近了。在天气越来越恶劣的情况下，大伙儿勉强逃避到附近的洞窟。在这时候，藤树的一番告白，「面对强大的力量，不要勉强出头，想法子渡过去也是很重要的」听到藤树这番话，小忍回顾自己的战斗方式，似乎有所领会的样子…
第31集 武斗道馆再战!乘浪的
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