为了再度挑战武斗道馆，而不断修行的小智，终于要向道馆训练家藤树做复仇战了。可是在藤树的秘密练习场的战斗，攻守状况却和上次的对战颠倒过来…。面对藤树猛发攻势的神奇宝贝，小智发挥了修行的成果，在轻松闪躲中慎重地寻找机会。藤树的神奇宝贝果然因为不断发出攻击，很快就喘不过气来了。任谁来看都会觉得小智占了上风，但是，小刚却有不同的看法。小刚在藤树这宛如故意制造机会给小智的战斗中，感到隐隐约约的不安…。
第32集 弃船!悄悄靠近的影子
小智一行人结束武斗道馆的复仇战，为了小遥即将参加的神奇宝贝华丽大赛，而搭船前往大会场地的凯那市。由于火箭队设下的圈套，船遇难了。小智等人顺水飘流，最后遇上了气氛阴森的触礁的弃船。在那里，一行人结识了来调查弃船的广海，一同休息了一段时间。这期间，火雉鸡突然不见了？！一行人不加思索，到处搜索，没多久，小胜与小遥也不见了。小智等人感受到危机，提高了警觉，可是…
第33集 小遥的劲敌!特训!神奇宝贝华丽大赛!
小遥来到凯那市，马上就以神奇宝贝华丽大赛的优胜为目标，和蝴蝶神奇宝贝的狩猎凤蝶展开了特训。特训中，小遥遇到了也想拿到大赛优胜的少年，神奇宝贝协调家，小瞬。小遥与小瞬之间燃起了激烈的竞争意识，又跟小智等人展开更激烈的特训。烟火工匠毕希见到这个情况，告诉小遥，有个果实吃了可以让参赛的神奇宝贝拥有更有利的条件。为了分得一些果实，小遥等人来到毕希的仓库，可是在那里只见到将果实完全吃光的火稚鸡。小遥等人得知这个果实是毕希今夜放神奇宝贝烟火的制作材料，深感自责，于是决定到森林去寻找果实来还给毕希先生。
第34集 最初拿到的神奇宝贝，大混乱
为了得到神奇宝贝华丽大赛的优胜，小遥将火稚鸡交给小智等人保管，自己与狩猎凤蝶离开去练习。此时小智等人又受乔伊小姐所托，帮忙照顾三只神奇宝贝做健康检查，因为不久之后，即将成为神奇宝贝训练的小孩会过来领取。做完健康检查后，乔伊小姐又托小智等人保管这些神奇宝贝。可是，其中有只活泼不听话的火稚鸡一直想逃跑。为了抓这只火稚鸡，小智拿出龙虾小兵战斗。没想到战斗中，火稚鸡意外进化成力壮鸡了。小智等人无计可施，偷偷拿小遥的火稚鸡来顶替，但是…
第35集 小遥!初次挑战神奇宝贝华丽大赛!
神奇宝贝华丽大赛举办的日子，会场人潮汹涌，热闹极了。身处其中的小遥，在休息室内一直紧张得无法冷静。第一次审查的主题是魅力演技。在神奇宝贝展现的多彩多姿的绝招中，劲敌小瞬的「荆棘」毒蔷薇得到了高分。然后终于轮到小遥跟狩猎凤蝶上场了。狩猎凤蝶拿出为了这一天努力练习已久的绝招，银色之风，成功进入了第二次审查。接下来的审查是只靠美丽还不够，必须以实力获胜的华丽战斗。小遥的对战对手是小瞬。这场战斗到底会谁胜谁负呢？
第36集 保护海之博物馆，火岩队的袭击!
神奇宝贝华丽大赛告一段落，小智等人在凯那市停留了最后一天。小遥与小刚到市区买东西，小智与小胜和皮卡丘决定到海之博物馆参观。很不凑巧，博物馆刚好休馆。小智等人遇到了库斯诺吉馆长，并被带入馆内参观。在那里，小智等人看到了罕见的烧焦的神秘岩石。此时出现了企图夺走博物馆展示品的火箭队，将小智等人关进牢笼内。然而比他们更早一步潜入馆内的火岩队又跟火箭队发生冲突。两派人马为了宝物，突然展开了战斗…
第37集 美女与野兽?狡滑天狗和乔伊小姐
小智等人向着紫菫市一路旅行，来到山路旁的神奇宝贝中心。但是里面却一个人也没有。最后面的房间一片凌乱，地板上还有残余的睡眠粉。小智等人觉得出事了，赶快查看监视器的录像带。出乎意料的看到邪恶神奇宝贝，狡滑天狗将乔伊小姐掳走的画面。一行人为了救出乔伊小姐，赶往狡滑天狗居住的大树。可是一路上却遇到草系神奇宝贝们的阻挠。这时候，乔伊小姐在大树中醒来，注意到旁边有一只睡着的长鼻叶…
第38集 正电拍拍与负电拍拍，山上的灯塔
以紫堇市为目的地而前进的小智等人，在浓雾的山路中行走着。听说山中有个村子，在那里，有着被当成路标的灯塔。小智等人遇到了守护灯塔的「光之石」的正电拍拍与负电拍拍，其主人和智见到小智的打扮，认定他就是村子传说中的勇者。和智完全没有战斗经验，他带着加油神奇宝贝跟随自己崇拜的小智一起练习。谁知火箭队却跑来捣蛋，抢走了光之石与皮卡丘…。
第39集 唱歌！神奇宝贝戏法屋！
前往紫菫市的途中，小智等人来到了某个城镇。一行人在那里认识了带着「呢喃神奇宝贝」咕妞妞的明菜，决定一起参加即将举办的「戏法屋大赛」。克服戏法大王设下的机关，获得优胜的人将可以得到一年份的能量方块！一行人以优胜为目标，努力向终点前进，先是迷宫，后是过独木桥、地洞陷阱等等，后来连拿着麦克风的胖丁也来捣乱。大赛的优胜者到底会是谁呢？
第40集 紫菫道馆，铁旋的电击战斗
抵达紫菫市的小智等人，为了得到第三个徽章来到紫菫道馆。一入道馆，突然冒出雷公机器人，与皮卡丘发生了战斗。后来，小智与现身的道馆训练家，铁旋做道馆挑战赛。竟然一下子就打赢了。然而过了不久，皮卡丘的情况马上变不对劲。带去神奇宝贝中心疹疗后，才知道皮卡丘在与雷公战斗的过程中，吸收了过多的电力，所以挑战时出招的威力才会那么大…
第41集 木守宫的新绝招，西瓜田的种子机关枪
小智等人结束了在紫菫市的道馆赛，为了让小遥参加神奇宝贝华丽大赛，而决定前往秋叶镇。一行人途中发现河面有西瓜漂过来，于是把西瓜捞过来吃了。这时少女纳奇出现了。她误以为小智等人是偷西瓜的小偷，命令熔岩虫与森林蜥蜴攻击小智。后来一行人解开了误会，被邀请到纳奇的西瓜田去。在那里，小智与纳奇以西瓜田旁边的战斗场地，展开了一场双打比赛。比赛进行中，想偷走西瓜的火箭队出现了… 第42集 电萤虫与甜甜萤，爱的舞蹈
小智等人来到了远遥湖畔的一个城镇。由于那里即将举办庆典，罗密欧带着电萤虫，朱丽叶带着甜甜萤，努力的做舞蹈练习。可是罗密欧对电萤虫下错指示，在小智等人面前出了洋相……细问之下，才知道罗密欧与电萤虫都喜欢上了朱丽叶与甜甜萤，因为太在意舞蹈的对方，而拿不出平常的实力。于是小智等人决定帮助罗密欧与电萤虫…
第43集 飞吧宝贝龙！迎向明天！
小智等人向着秋叶镇的方向前进，在悬崖斜面上的山路行走。在那里，一行人遇到了崖上跳下来的石头神奇宝贝，宝贝龙。小智认识了宝贝龙的主人米雪儿，得知宝贝龙想要飞翔的心愿…。由于宝贝龙进化成暴蝾螈之后就可以飞行，于是小智等人为了让宝贝龙早日进化，决定与其对战。可是比赛中，火箭队又跑出来，把宝贝龙带走了。宝贝龙命运将会如何？它能够不经由进化而飞行吗？
第44集 小霞登场!波克比与梦幻王国!
小智等人向着秋叶镇前进，与睽违已久的小霞跟波克比，约定在途中的沙漠绿洲碰面。小霞接受绿洲的饭店邀请，要去参加那里举办的波克比庆典。但是去被伪装成执行委员的火箭队所骗，使得波克比被绑架到叫做米拉祖的国度去。波克比似乎是米拉祖王国决定王位时必需用到的神奇宝贝。小智等人随后追上，遇到想利用波克比来登上王位的摄政韩佐，而发生一场战斗…。
第45集 海市蜃楼的另一边波克比的乐园
韩佐企图成为米拉祖王国下任国王，设下陷阱，引来了小霞与小智到宫殿。幸好被偶然认识的莎拉公主所救，正要与波克比一起逃脱到国外。但是韩佐的铁面忍者与脱壳忍者却突然来袭，将波克比强行夺走。韩佐奸计得逞成为国王后，还想利用波克比，到海市蜃楼另一头的波克比乐园，企图释放出被封印起来的危险力量。但是……
第46集 战斗家庭四比四
小智等人向着秋叶镇的方向旅行，途中存粮用尽，饿着肚子在荒野中流浪。此时搭救他们的，是在荒野中开垦的连胜家族。听说这个家的长子良平，也是为了成为神奇宝贝联盟的冠军而在外面旅行。一家人突然对小智等人提出四比四的挑战。与这个好战家族的比赛，结果将是如何呢？
第47集 向尾喵与芳香疗法
小智一行人向着秋叶镇的方向继续旅行，途中在草丛发现一只精力旺盛的向尾喵。小智等人虽然不知道向尾喵虚弱的原因，但还是在看过芳香疗法书籍的小刚建议下，带着向尾喵前往研究神奇宝贝芳香疗法的「绿色之馆」。向尾喵经过馆内工作人员亚里莎的芳香治疗，果然恢复了元气。接着，小遥为了收服向尾喵正打算打一场的时候，火箭队的人又跑出来，把馆内的香水抢走了！……
第48集 猫鼬斩对抗饭匙蛇，宿敌大对决!
小智等人向着秋叶镇的方向旅行，与曾经在某个森林认识的短裤少年阿奇重逢。阿奇自从上次跟小智告别后，也到橙华道馆挑战过。因为挑战失败的关系，现在正在这个森林修行。小智等人决定陪阿奇修行一阵子，但是在战斗中，阿奇的猫鼬斩状况显得很不正常。原来牠是察觉到了藏在树丛中的宿敌，火箭队的饭匙蛇的气息。两只神奇宝贝立刻一场死斗。论实力，是饭匙蛇占上风。眼看猫鼬斩快被打败，小智派出龙虾小兵加入助阵，停止了一场恶斗。但是，猫鼬斩想一决胜负的斗志更加旺盛，于是第二场生死搏斗又开始了。到底胜负将会如何呢？
第49集 小胜与胜人，保护溜溜糖球
小智一行人向着秋叶镇的方向旅行，来到了位在美丽湖畔的某神奇宝贝中心。在那里，认识了跟小胜一样，名字中有个「胜」字，绰号叫小胜的少年，胜人。胜人不知为何，对小胜一副想找人打架的态度非常讨厌……。离开神奇宝贝中心后，小胜看见胜人在湖畔疼爱溜溜糖球的样子。接着，两人一见面又开始吵架了。此时，企图夺走溜溜糖球的火箭队出现了。
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