第71集 大木博士与小田卷博士秘密基地之战
在橙华道馆得到第五个徽章的小智一行人，在前往茵郁市之前，决定先到小田卷研究所一趟。在那里遇到小田卷博士的小智等人，知道博士正要去迎接大木博士，于是就跟随着一起去了。然而，应该在研究所的小遥与小胜，却偶然先遇到大木博士。小遥等人想让大木博士看看地方上难得一见的训练家专用的神奇宝贝，可是正好被趁虚而入的火箭队给抢走…
第72集 双人合作赛!小智vs小遥!
前往下一个目的地，茵郁市的小智等人，途中小智怪罪小遥动作太慢，导致大伙迟迟无法出发。于是两人就引发口角。此时出现穿着华丽的两人组，奥斯卡与安东尼，向小智与小遥挑战拉锯赛。这种比赛需要合作无间的默契，可是小遥与小智却互扯对方后腿。这样下去俩人恐怕会打输比赛…。
第73集 禁忌森林的国王妙蛙花
以茵郁市为目标的小智等人，途中在森林里迷路，小遥被突然跳出来的盔甲鸟给带走。小智等人急忙追上去，却遭到厚重的木门与一群神秘男子的阻挡。这些人是住在森林的村民。对他们来说，门的另一边是禁地，自古以来就为人所畏惧，据说，进入里面的人会触怒草系神奇宝贝。一心想要赶快救出小遥的小智等人，趁村民不注意时偷偷爬过大门，可是…。另一方面，小遥被带进禁地之后，被妙蛙种子、臭臭花、口呆花等「草系神奇宝贝」所包围…
第74集 妙蛙种子与妙蛙种子抢回神奇宝贝球
小智等人路过一个都市，使用神奇宝贝中心的电视电话与大木博士取得连络，让博士传送小智的妙蛙种子过来，与小遥的妙蛙种子一起玩耍。然后，传送开始了，可是什么东西也没有过来。原来是有人伪装成技师，假藉修理故障的机会，改造传送机，将传送过来的神奇宝贝球夺走。为了拿回被偷走的神奇宝贝球，小智等人赶忙追上去，但是…
第75集 对决巨大鲶鱼王与钓鱼高手
小智等人在湖畔休息。小智观赏着目前为止战胜得来的徽章太入神，一不小心让徽章与盒子一起掉进水中。此时巨大鲶鱼王突然出现，将盒子连徽章一口就咬走掉。为了追回盒子，小智情急之下跳湖，搞得自己也溺水。刚好在场的钓客出手将小智救起。这位钓客看起来与巨大鲶鱼王似乎有某种关连…
第76集 天秤偶与雾中的遗迹
为了参加丰缘联盟的比赛而持续旅行的小智一行人，决定要爬上迷雾山。可是，在深雾笼罩的山中，小智和皮卡丘却跟大家走失了。迷路的小智突然遇到雾中出现的神秘婆婆。这个婆婆一边唱着奇怪的童谣，又消失在雾中。继续迷路的小智与皮卡丘因为救了差点跌落悬崖的天秤偶，又遇到了名叫神代的少女。调查梦幻般的古代遗迹的她，就是以先前小智听到的奇怪童谣当线索……
第77集 强敌!妈妈协调训练家登场!
旅行途中小智来到了长寿镇。小遥得知镇上即将举办神奇宝贝华丽大赛，非常的高兴。遇到宿敌小瞬，两人果然又迸出火花，但是一群妇女们的热烈加油声，却让两人吓一大跳。而且，自称"pmdm"神奇宝贝爱好妈妈的成员之一人，月子也要参加比赛。小遥与月子成为好朋友，见月子紧张的样子，提出建议让自己成为练习的伙伴。另一方面，火箭队得知只有拥有缎带勋章的人可以参加比赛，而动起抢劫小遥的歪脑筋……
第78集 神奇宝贝华丽大赛!长寿大会!
长寿镇的神奇宝贝华丽大赛终于开始了。狩猎凤蝶表现不错，令小遥显得很从容。一同练习的月子也恢复了比赛的直觉，表现得可圈可点。宿敌小瞬则是以毒蔷薇的花吹雪绝招让在场观众陶醉不已。虽然第一次审察大家都顺利通过，可是第二次审察时，小遥的对手居然是月子。小遥兴冲冲的想让妙蛙种子的出道比赛制造高潮，但是……
第79集 跳跳猪寻找的东西
小智等人向着下一场道馆赛的所在地茵郁市前进。途中，遇到一只无精打采的跳跳猪。小智等人得知跳跳猪头上的真珠搞丢了，遂决定帮忙一起寻找。然而令人伤脑筋的是，这只跳跳猪一看到圆的东西就往自己头上戴。差点累死小智等人。后来，水跃鱼好不容易找到真珠，跳跳猪的头上顶着真珠，高兴极了。就在小智等人松一口气的时候，火箭队出现了……
第80集 初次挑战!空中竞技神奇圆环!
以茵郁市为目的地的小智一行人，途中，在风的十字路口搭救了一只被强风吹跑的青绵鸟，结识了少年凯特。在风的十字路口这地方，有举办一种利用神奇圆环竞争训练家与神奇宝贝的合作默契的比赛─神奇圆环。小智与小遥自然是马上报名。可是在会场，也出现了曾过神奇圆环特训的小次郎的身影……。
第81集 怨影娃娃的大宅
旅行到茵郁市的途中，小智等人在路上迷路，为了躲雨，进入一间大洋房，结果被关了起来。小胜小遥因出不去而急得要命。最后俩人还吵起来，小胜气得跑离众人，遇到了以愤怒念头为食物的人偶神奇宝贝，怨偶娃娃。俩人成为好朋友。于是小胜想出办法，要求怨影娃娃帮忙，一起来吓吓小遥……
第82集 森林的格斗王力壮鸡对抗斗笠菇
小智等人在广大森林中休息。皮卡丘也吃着神奇宝贝饲料杯，气氛十分悠闲。然而，龙虾小兵生气火稚鸡抢食自己的食物，使得现场气氛变得火爆起来。其它神奇宝贝也被卷入纠纷中，场面一团混乱。另一方面，火箭队饿得到处找食物，抢走森林里的蘑蘑菇的食物，导致愤怒的蘑蘑菇群接二连三进化成斗笠菇……
第83集 天气研究所的漂浮泡泡
小智等人来到离第六个徽章的所在地茵郁市不远的地方，中途遇到大雪，陷入危机。然后一行人又遇到会因天气而变化外形的天气神奇宝贝，漂浮泡泡。漂浮泡泡带领小智等人到气象研究所，看到储存气象数据的巨大控制器而吃惊不已。火箭队也冲着这个东西过来了。接着，水舰队的人也来了……
第84集 茵郁市的羽翼嘉年华会
小智等人终于来到茵郁市。镇上正为了一年一度以"天空"为主题的妖精嘉年华会而热闹沸腾。此时，一行人遇到了用盔甲鸟带领孩子们玩乐的娜琪。原来她是专攻飞行神奇宝贝的茵郁道馆的道馆训练家。小智等人决定在道馆比赛开始之前，好好享受庆典活动。这时候，火箭队的小次郎得到了珍贵的神奇宝贝，风铃铃……
第85集 茵郁道馆天空之战
以第六个徽章为赌注的道馆战在茵郁道馆展开了。小智斗志高昂。相对的，娜琪却在战前，静静地对空祈祷。相对于娜琪拿出同时具有飞行与龙系属性的七夕青鸟，小智却拿出被飞行属性克到的森林蜥蜴对抗……
第86集 喷火驼载着电影来
小智等人在茵郁市得到白羽徽章后，为了挑战下一个道馆而持续旅行。途中，搭救了卡在路边无法动弹的喷火驼。同时，也认识了少年高谷。高谷为了让小村落的人们有电影可看，背着底片与放映机旅行。火箭队等人见状，跳出来想抢走放影机……
第87集 神秘!来自宇宙的神奇宝贝!
小智等人向着水静市方向旅行，来到了四周环山的溪谷镇。为了消除旅行疲劳，一人决定到神奇宝贝中心休息。但是，乔伊小姐神色诡异的赶走小智等人，使得小智等人迫不得已露宿野外，遭到奇怪的两人组的攻击。这两人是神奇宝贝不思议俱乐部的肯恩与玛丽。他们好像在寻找掉落到小镇附近的陨石与来自宇宙的神奇宝贝……
第88集 懒人翁香蕉乐园的卡比兽
小智等人看到有趣的招牌「懒人翁香蕉乐园」，决定顺路进去逛逛。小胜与小遥听说这个搜集很多懒人翁的动物园有香蕉甜点，高兴极了。然而，进入园内，什么人也没看见，一片荒凉。原因似乎是因为卡比兽吃光了园内的香蕉，使得懒人翁不愿见人。小智等人受园玛奇之托，决定想办法赶走卡比兽…… 第89集 皮卡丘加入火箭队
小智等人终于到了接近水静市的地方。但是，他们却在市区前方的森林受到火箭队偷袭。小智等人被爆炸炸飞。然后，等皮卡丘醒来时，它已经因为爆炸的冲击而丧失记忆。在旁的喵喵见机不可失，故意捏造谎言哄骗皮卡丘加入火箭队……
第90集 到达水静市！能量方块与回转攻！
小智等人终于抵达水静市。公园的果实市场非常热闹，一行人看得雀跃不已。并与加奈及她的搭档「操纵神奇宝贝」噗噗猪成为朋友，被招待到加奈的家里玩。在那里，小遥使用果实调理机尝试自己制造能量方块。另一方面，小智的大王燕从人称绝招高手的加奈的爷爷那里，学习「回转攻」的绝招……
第91集 神奇宝贝华丽大赛！水静大会!!
神奇宝贝华丽大赛水静大会终于开始了。但是，最初登场的小遥与力壮鸡，遇到了意想不到的状况。比赛中，小遥跌倒，力壮鸡的火炎正好扑向小遥。幸好小遥临危不乱，化解危机，成功的表演结束。加奈以小遥为榜样，士气大振，与噗噗猪一起登场。到底加奈与噗噗猪会拿出什么样的表演呢？
第92集 那三只登场！裁判学校之岛！
小智等人得到了第三个缎带勋章。为了前往下一个道馆所在的绿岭市，一行人搭上了连络船班。然而他们不知自己搞错了目的地，船其实是到达邦巴岛的。在那里，小智等人遇到了带着妙蛙草、卡咪龟、火恐龙的少年，吉米。吉米正在神奇宝贝比赛裁判养成学校学习如何当裁判。受养成学校老师莎莉娜所托，小智与小
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