第93集 珍珠贝与跳跳猪！寻找珍珠！
小智等人在前往瑞弗勒岛的途中，发现了搭着小船漂流的跳跳猪。跳跳猪把头上的珍珠搞丢了，非常困扰。于是神奇宝贝们就潜入海中帮忙寻找，偏偏怎样都找不着。此时，出现一位叫做伊崎的研究学家，告诉他们只要找到「双壳神奇宝贝」珍珠贝就可以了。在伊崎的向导下，小智等人来到珍珠贝研究所，看到罕见的蓝珍珠。并且，火箭队的人也跑了过来……
第94集 古空棘鱼与深海的秘宝！
在瓦滋瓦岛的海边，小智等人遇到了一位男性，草也。草也宣称自己是以搜寻海中宝物贩卖维生的宝物猎人。听说草也可能发现了古时沉船的宝物，小智等人马上跟着起哄，前往海中寻宝，但是听到风声的火箭队也靠近过来……
第95集 猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！
小智等人来到伊吕波三岛。一行人把没有元气的力壮鸡交给岛上的神奇宝贝中心，意外偶遇小田卷博士。原来他是来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题。根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于「深海之牙」与「深海之鳞」上头。小智等人为了解开海底谜题，与岛上的少女奈美子一起前往古老传说中的洞窟……
第96集 肌肉比赛!?？双打比赛!!
小智等人来到刚迦岛。在那里，遇到了一群为了获得格斗胜利，努力于肌肉锻练的一群人，并被拖下去一起练习。在那里，岛上最强的训练家岩清水向小智挑战双打比赛。面对水系的沼王与帝牙海狮，小智决定用皮卡丘与森林蜥蜴对战，但又陷入意料不到的危机之中……
第97集 固拉多vs盖欧卡！(前篇)
搭船前往绿岭市的旅行途中，小智等人的皮卡丘差点被火箭队抢走。战斗中，皮卡丘的电击招引起了爆炸，导致小智等人与火箭队都被弹飞到海中。这时火岩队的潜水舰突然出现，将小智等人抓起来。想利用超古代神奇宝贝固拉多的力量征服世界的他们，终于发现了盖欧卡，可是……
第98集 固拉多vs盖欧卡！(后篇)
为了得到超古代神奇宝贝，火岩队与水舰队对决的时刻终于来临。水舰队的老大水梧桐利用红色之珠让盖欧卡苏醒。另一方面，火岩队握有的可以控制固拉多的蓝色之珠却跟皮卡丘融合为一体。被邪恶之心所控制，失控发狂的盖欧卡。火山爆发、与带着蓝色力量的皮卡丘和固拉多果然发生了激烈冲突……
第99集 枫与南宇宙中心的战斗
为了得到第七个徽章，小智等人终于抵达绿岭市，前往位于本市的宇宙中心。在中心里面，小智等人迷路了，遇到在地下训练室做神奇宝贝对战的双胞胎，枫与南。他们使用天秤偶的念力，正在无重力状态中战斗。在他们的带路下，小智等人在中心玩得很愉快。此时，枫与南的父亲，航天员基恩搭乘的火箭发射升空了。火箭队的人知道此事，不知又打起了什么鬼主意……
第100集 绿岭道馆!太阳岩与月石
攸关小智丰缘联盟第七个徽章的道馆赛终于在绿岭道馆开始了。对手是控制月石与太阳岩的道馆训练家，枫与南。小智拿出皮卡丘与大王燕战斗，向双打比赛挑战。这场比赛究竟会是谁输谁赢呢？
第101集 大海男儿四天王源治登场
以第八个徽章为目标的小智等人在前往目的地琉璃市的途中，路过了一座岛屿，正想在其中一家店用餐，偶然遇见四天王之一的源治，一行人兴奋不已。源治的身份是船长。在他带领下小智见识了巨大的帆船，并受邀做一场神奇宝贝对战比赛。面对这场与四天王的对决，小智摩拳擦掌，正想大显身手，然而……
第102集 诸星博士之岛化石神奇宝贝出现
前往下一个目的地琉璃市的途中，小智等人来到了一座小岛。小胜在岛上看到「藤壶神奇宝贝」摇蓝百合，追逐在后，因而与大家走散。大伙拼命寻找小胜，途中遇到了名叫诸星博士的男子。他正从事让古代神奇宝贝复活的研究，并说要让大家看看罕见的古虾神奇宝贝太古羽虫的进化。这时，火箭队的人又照惯例跑来作怪……
第103集 伊札贝岛神奇宝贝华丽大赛!小心劲敌!
为了在最后的道馆赢得徽章，小智等人到达召开神奇宝贝华丽大赛的伊札贝岛的普里加市。小遥带着妙蛙种子挑战第四个缎带勋章，很幸运地轻松通过第一次审查。另一方面，会场一个穿着绿色衣裳的挑战者哈利，带着「恶神奇宝贝」梦歌奈亚连战连胜。不知为何原因，小遥感受到这个人对自己似乎怀有恶意……
第104集 封印巨大念力土偶
以赢得第八个徽章为目标的小智等人，在横越伊札贝岛的途中，来到了毁灭之谷。在那里，遇到老人重盛，在其带领下前往传说封印巨大力量的巨大神奇宝贝球所在的湖泊。此时，闻风而来的火箭队跑出来了。就在火箭队想夺走巨大神奇宝贝球的时候，球的封印被解开，巨大的念力土偶苏醒了。小智等人依靠着重盛的古文书，挺身对抗巨大念力土偶……
第105集 大嘴娃谈恋爱莲帽小童的花之路
旅行途中小智等人在原野上稍做歇息。这时小智为了小试身手，与小刚很难得地做神奇宝贝对战赛。然而战斗中，煤炭龟的「重击」力道过强，把莲帽小童炸飞掉，撞到森林中的欺骗神奇宝贝大嘴娃。大嘴娃迷上莲帽小童，莲帽小童一点也不领情。另一方面，小遥看过训练家莎由梨的缎带舞绝活之后，对大嘴娃大感兴趣。然而，远方还有一群可疑人物看上了大嘴娃……
第106集 大颚蚁与超音波幼虫梦幻之湖
向伊札贝岛前进的途中，小智等人误入了广大的荒野。那里，有着「狮蚁神奇宝贝」大颚蚁的巢穴。一行人在那里认识了保护巢穴安全的管理员，秋子，及大颚蚁的研究员平八郎。他正寻找大颚蚁制造的地下迷宫所在地的湖泊。这时火箭队的人又来偷袭了。并导致皮卡丘掉进大颚蚁的巢穴中……
第107集 阿勃梭鲁悄悄靠近的灾难阴影
小智等人以赛罗斯镇为目标而旅行的途中，来到了山势险峻的岩山山麓的利亚多村。最近在这个村庄出现了罕见的灾祸神奇宝贝阿勃梭鲁，村民们正为了可能发生的灾祸而困扰。村子的少年阿德说他的哥哥小聪为了证明灾祸并非阿勃梭鲁引起，而离开了村子。小智等人遂陪伴阿德寻找小聪。另一方面火箭队伪装成阿勃梭鲁猎人，企图找机会夺走皮卡丘……
第108集 抓住雪童子!
小智等人以拿到丰缘地方第八个徽章为目标而旅行，来到了伊札贝岛的山顶。在那里，小智的徽章盒被喜好恶作剧的雪笠神奇宝贝雪童子抢走。小智在暴风雪中拼命追逐，在很陡的斜坡上滑倒，掉到山谷的深处。不只这样，皮卡丘想要救出小智，却与雪童子一起被火箭队抓住……
第109集 拯救拉鲁拉丝动作快点小胜
小智等人在森林中小歇一会儿，看到了身体虚弱倒地不起的感受神奇宝贝拉鲁拉丝。牠似乎是掉到河中全身湿透，而发高烧的样子。小智等人想带拉鲁拉丝到神奇宝贝中心医治，可是突然出现一位绅士带着沙奈朵跟奇鲁莉安阻挡小智等人。小智被迫应战，只好拜托小胜先带着拉鲁拉丝离开……
第110集 琉璃道馆水的艺术家亚当(前篇)
小智等人终于抵达琉璃市，兴致高昂，在道馆挑战赛之前，很期待看看有水之都之称的本地名产，艺术大型庆典。亚当是获得观众热烈欢迎的水之艺术家。他使用水系神奇宝贝的艺术演出，深深迷住了小智等人的心。当小智等人得知他就是本地的道馆训练家时，非常吃惊。紧接着，一行人被带往巨大泳池状的战斗场地，看得目瞪口呆……
第111集 琉璃道馆水之艺术家亚当(后篇)
小智为了得到第八个徽章而向琉璃道馆挑战。但是，道馆训练家亚当的水系神奇宝贝却相当难缠，而陷入了苦战。所依赖的森林蜥蜴、龙虾小兵都被亚当的出没神奇宝贝爱心鱼，与鲶鱼王的巧妙攻击耍得团团转，败下阵来。于是小智拿出学会「回转攻」的大王燕对战……
第112集 直冲熊友情的形式?!
向下一个目的地前进的小智等人，途中来到了一座小岛。在那里，小遥的神奇宝贝球被人偷走。嫌犯好像是拥有搜集圆型物体的习性的直冲熊。小智等人与其饲主凯真拼命的追逐直冲熊，火箭队的人又突然出现搅局……
第113集 梦幻岛的小果然
为了暮水镇举办的下一场华丽大赛而斗志旺盛的小遥面前，宿命的劲敌小瞬出现了。俩人在海边展开战斗，期间遭到火箭队袭击，所有人都失散各地。小遥拼命寻找同伴，遇到了岛上的老人碌介，而知道自己飞到了磁铁失效的梦幻之岛的森林里头……。
第114集 滚动吧!爱河中的顿甲
明天就是小遥出场华丽大赛的日子。为此，小智等人急于赶往大会场地暮水岛。可是途中船只故障，只好停靠在咚咚岛。小智等人在这座岛上，遇到了滚来滚去跳着充满活力的爱之舞求婚的雄性顿甲。这里，是铠甲神奇宝贝顿甲的乐园。现在正是他们恋爱的季节。旁若无人到处滚的顿甲，把小智等人耍得团团转。到底小遥有没有办法平安到达暮水岛，参加明天的华丽大赛呢？
第115集 混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛暮水大会！(前篇)
神奇宝贝华丽大赛暮水大会的早晨终于来临了。在神奇宝贝中心前面的广场，比赛前的协调训练家们早早的就与神奇宝贝们展开练习。小遥的神奇宝贝都处于最佳状况，唯有向尾喵，老是东张西望心不在焉。这时候，与小智做练习的雪童子失去控制，导致广场一团混乱，而向尾喵也被逃出会场的长尾怪手引开，小遥紧追在后，遇到了住在岛上的协调训练家，利树与江梨子…&he
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