剧情简介：
在地球的洪荒时代，天地精气孕集，阴阳交融，有名而自无名始，两仪生四象，四象生八卦……
打住！反正经过复杂到没人说得清楚的物理化学反应后，地球上开始生长生命之树，一级一级地产生各种各样的生物，扩散于地球的陆地、海洋与天空，使天地之间充满了生机。终于有一天生命之树生长到了最顶点，阳气精华与阴气精华各自凝结成为Adam（亚当）与Lilith（利利斯），Adam是雄体而Lilith是雌体的最高形式生物。在他们“禁断的融合”后 Lilith产生了一个“Lilith之卵即黑之月”，从中进而产生了十八个使徒，其中十七个获得了生命之果。不知是不是因为生命之树上生命之果只长着十七个，第十八使徒只能将就获得了智慧之果，因此A.T.Field的力量微弱，不足以维持一个总形态，只能分化瓦解以不同的形态存在着，这就是——人类。生命之树从此也不再存在，但生命之树中的“光和水”，即能量与传输物质，构成了人类的灵魂。最后生命之树只剩下一点点没烂掉的根根须须，成为后世所称的郎基奴斯长枪。Adam、Lilith及二到十七号使徒均进入了休眠状态，而仍处蒙昧的人类则各奔前程，其中有一些智者还知道曾经发生过的事情，这些事情被作为传说写进了死海文书，或许还被写进了山海经也说不定的……
分集剧情介绍：
第1集
公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的国联军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但就连最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年被其父源堂呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。碇真嗣和身为NERV司令官的父亲碇元渡有十年的时间都不在一起，面对许久不见的儿子，碇司官所说的只是：“坐上EVA.”消极的少年拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。
第2集
在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA 达成同步和使徒作战。射出后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后活动停止。但在真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动，在失控的状态下，用压倒的战力将使徒击溃。面对冷漠的父子态度，美里提出要真嗣与她同住的要求。14岁的自我封闭少年与29岁的单身美女的共同生活就此开始。美里对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口。
第3集
为了防范使徒再来，真嗣进行着EVA的操作训练，同时也转学到第三新东京市的学校就读。在上课时，老师讲到第二次浩劫的历史事件。可是同学们都不专心，在台下偷偷的玩用电脑网络聊天。真嗣被套出他是EVA 驾驶员，在班上立刻成为受欢迎的人。但同班的铃原东治却对他大打出手，这是因为他的妹妹在EVA 与使徒的战斗中受牵连而受伤。不一会，第四使徒来袭，真嗣将从避难所里出来观望的东治与剑介救入驾驶仓，并无视美里的撤退命令，用高振动粒子刀击退了使徒。
第4集
与第四使徒战斗胜利之后，真嗣并未意识到他战斗的意义，他离开家后，在第三新东京市的郊外，与相遇的剑介呆了一夜，第二日被NERV的保安谍报部带回。放弃 EVA驾驶工作之后，他将被护送回原住处。听毕剑介对真嗣心理的见解，美里急忙赶往车站去送行，列车已缓缓驶离车站，但月台上仍有一位少年的身影。
第5集
绷带少女绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口、无心、无表情的性格使得没有人愿意与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲源堂交谈，于是对丽产生了兴趣。同时，第五使徒袭来，刚被射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击。
第6集
受到加粒子炮攻击的初号机，所幸未伤至要害，但真嗣却对战斗开始胆怯。另一方，使徒正在使用能量钻向NERV本部的位置展开攻击。面对持有自动防御系统的使徒，美里提出了超长距离射击的提案，并取名为“八岛作战”。数小时后，日本列岛全土的能源，集束于战自的阳电子炮内，狙击手为真嗣，丽驾驶零号机执行防御任务。于是，使徒加粒子炮与阳电子炮的两束热能交错飞过，使徒被击坠，而丽挡在了真嗣的面前。
第7集
由第二次浩劫引发的世界经济的混乱与崩溃，至2015年亦无法完全恢复。此时的日本经济。由于水位上涨，平野被淹没，工业生产的确是遭到了致命的打击。然而，国土复兴的工程所消耗的物资，简直就是天文数字，所以日本政府与民间企业，一直将吞食了大量资产的对使徒军事企业视为大敌，故始终都在寻找可替代NERV的廉价企业……
第8集
从德国的NERV第三支部，送来了EVA二号机。在担负护送任务的太平洋舰队，美里与真嗣一行初次面对第二适格者明日香，此外美里以往的恋人加持良治也同乘返回日本。途中，舰队遭到水中的第六使徒的攻击，明日香将真嗣拉入二号机驾驶舱后一同出击，但装配着无法进行水下攻击的B型装甲的二号机，很快就被使徒吞入口中。美里提出零距离射击计划，众人摆脱困境并将使徒歼灭……
第9集
刚到班上不久的明日香，成为了最受欢迎的人物。不过明日香对中学生没兴趣的样子，情书都被狠狠地踩一脚（便鞋上还要写名字？）。丽实在是对周遭的事陌不关心，明日香挡到她的光线，她竟只有移开一点，头都不抬一下，明日香以挑衅的语气跟丽说：“好好相处吧。”丽竟然回答：“为什么？”，“有命令我就会去做。”
在纪伊半岛海湾出现了持有分离合体功能的第七使徒，配合不协调的明日香与真嗣，立即遭到戏剧般的攻击……
第10集
在浅见火山熔岩中发现了第八使徒的幼体。由明日香来执行首次使徒捕获作战。二号机装备了耐热耐压的D型装备后潜入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼体，但在上升过程中，幼体开始急速乳孵化，作战计划不得不有捕捉更改为歼灭。在熔岩中苦战的明日香受到真嗣提出有关“热膨胀”原理的问题的启发，利用冷却液成功地消灭了使徒。
第11集
在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。与第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到国联的警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发进后，联合作战成功地击毁使徒。
第12集
美里被晋升为三佐，剑介他们特意搞了聚会庆祝。这时，在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒，它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。在源堂不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用A.T.FIELD抵挡的计划并取得成功。为此，源堂从南极发回了贺电，真嗣也因此找到了“ 乘坐EVA战斗的理由”。好不容易打赢了第九使徒，美里本来说要带三个小孩吃大餐，可惜天性懒散的她没钱了，最后被拖去吃路边摊拉面……
第13集
NERV本部在进行模拟体测试实验时，于蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒。该使徒能够急速分裂、增殖，控制模拟体后开始侵蚀 MAGI系统，并提速NERV自爆。 对此，律子进入MAGI尚未被侵蚀的CASPER.3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了自灭促进程序，之后，使徒歼灭。
第14集
人类补完委员会召开了特别召集会议，对NERV的成绩作总结。对于使徒侵入一事，碇源堂予以否认。与此同时，机体互换实验正在进行中。丽可顺利乘坐初号机，但真嗣却受到了来自零号机的精神污染。又一次陷入暴走状态的零号机，拼命地攻击观察室的窗户。这样的情形，在美里的心里引起了不少的疑问，但律子却对于暴走的原因予以保留。
第15集
在京都的废屋里与一个奇怪的女性交谈后，加持良治依旧执行他对NERV的侦探工作。第二日，真嗣与源堂一起来到唯的墓前，明日香则去应付约会。晚上，美里、律子与加持一同参加了友人的结婚宴会，在回来的途中，美里向加持吐露了自己的心声。翌日，在进行间谍工作的加持被美里发觉，于是，加持将她带到了被 NERV隐藏的莉莉斯面前。
第16集
在EVA的同步测试中，真嗣超越了明日香。因此，他信心百倍地去迎击出现的第十二使徒，结果被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。由于无法脱离，真嗣将生命维持系统打开，等待救援。十六小时后，生命维持到达限界，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲。另一方，律子打算牺牲真嗣来回收初号机，但使徒忽然被初号机撕裂开来。
第17集
EVA四号机的S2机关搭载实验在美国进行。结果美国的NERV第二支部与其半径89公里以内的设施从此消失。为此，剩下的三号机的启动实验，转至日本的松代进行，而且驾驶员将由新挑选的第四适格者来担任。只是那个青年的名字，令美里担心。后日上课时，铃原东治被传唤至校长室，回来之后，他似乎变成了另一个人。
第18集
三号机运到后，美里也前往松代指挥启动实验，但她没能告诉真嗣有关东治的事。实验中，三号机失控，原因是被第十三使徒寄生。EVA三机出动拦截使徒，零号与二号机相继被击败。真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务。于是元渡命令打开初号机的模拟作战系统，将三号机
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