第38集
艾奥里亚看到人马座黄金圣衣的出现，并穿在星矢的身上，自然不会就此罢休，战斗随之展开。星矢无论怎样努力，也不能打败艾奥里亚，相反，艾奥里亚的闪电光速拳令星矢毫无还手之力，连赶来的冰河及瞬也被击晕。这时，沙织以女神的身份出现，向艾奥里亚说明十三年前的故事。十三年前的一过晚上，教皇原本要把年幼的沙织杀掉，幸好得艾奥罗斯相救，带着人马座圣衣逃出圣域，更在途中不幸牺牲，死后被冠上叛徒的罪名。由於没有实在的証据，艾奥里亚还是半信半疑，最后艾奥罗斯的灵魂出现并帮助星矢把光速拳推回去，终於令到艾奥里亚觉悟，立时发誓效忠雅典娜，并带莎尔回圣域，找教皇算账。
第39集
在五老峰上，紫龙虽然使用了生命之水，不过双眼仍然未能治好。另一方面，教皇为了要除掉天秤座黄金圣斗士童虎，从圣域派出了巨蟹座黄金圣斗士迪斯马斯克来到五老峰，紫龙知道到老师有危险，立时挺身制止。紫龙的攻击对迪斯马斯克而言实在微不足道，他更被打下庐山的瀑布下。原来迪斯马斯克是知道教皇的所作所为，不过由於他相信力量就是正义，所以仍然助紂为虐。紫龙从瀑布底穿起圣衣，像龙神般飞跃而起，使出升龙霸令迪斯马斯克连退数步。正当迪斯马斯克试图使出他的绝技积气冥界波时，白羊座的穆先生出现制止，迪斯马斯克知难而退，并相约紫龙在圣域一决胜负。
第40集
经过与黄金圣斗士的战斗后，眾人明白到决战的时刻已经来临了。在出发去圣域的前一天，大家来到了星之子学园，寻找童年的回忆，而星矢则向青梅竹马，一起长大的美穗道别。在出发的一天，沙织、星矢及冰河已来到机场，但只有瞬还没有到来，眾人虽然担心瞬的安危，但还是相信他一定会来。原来瞬被一起修业的珍妮阻止，因为珍妮看到黄金圣斗士米罗在瞬间把仙女岛破坏，也杀了他们的师父亚路比奥尼，因此不愿瞬去送命。同时，瞬的师兄弟史碧加及利达亦到来要娶瞬的性命，用锁链向瞬攻击，瞬被他们俩人的锁链锁着，动弹不得。
第41集
瞬在险境中想起了一辉的说话，与及为了对星矢他们的承诺，燃起自己的小宇宙，把史碧加及利达打败了。瞬向珍妮道别后便与眾人起程前赴圣域，在机上，沙织猜测着教皇的真正身份及估计到黄金圣斗士的数目达到十二个之多。另一方面，回到圣域的艾奥里亚到了教庭，找教皇算账。正当二人激战的时候，处女座的沙加前来阻止，并且听从教皇的命令，与艾奥里亚决战。俩人各自使出自己的绝技向对方攻击，最终因威力过大而俩败俱伤。当眾人抵达圣域后，紫龙亦已到来，而教庭的通道前便是由黄金圣斗士守护着的十二宫。但是当眾人出发前，沙织却中了天箭座德里密的黄金之箭。
第42集
在德里密的口中，知道只有教皇才能把箭拔去，而且要在十二小时前，所以星矢他们决定在十二小时内突破十二宫，拯救沙织。第一宫是由穆先生把守的白羊宫，穆先生见眾人的圣衣已受到很大程度的破损，面对黄金圣斗士完全没有胜算，所以替他们修补圣衣，但是虽要一小时的时间。一小时后，眾人穿上修补好的圣衣，发觉威力大增，而穆先生也教导眾人第七感的道理，之后星矢他们向着第二宫前进。
第43集
来到了金牛宫的星矢等人，却被一堵墙挡住了去路，原来他就是守护金牛宫的黄金圣斗士亚尔迪，战斗立即展开。身材高大的亚尔迪完全不怕星矢他们的攻击，相反他更把紫龙、冰河及瞬打晕了过去。星矢虽然用流星拳猛轰，但是也毫无作用。星矢被亚尔迪打倒了数次，终於唤起了魔铃教导过破解攻防一体的居合剑法的方法，用彗星拳令亚尔迪也要出手挡了。不过。亚尔迪的光速拳巨形号角令星矢几乎命丧。幸好星矢领悟到第七感的奥秘。成功地看到巨形号角。把这个绝技化解了。
第44集
能够充份燃烧小宇宙的星矢，终於成功地把巨形号角反弹了回去，同时看准了时机，把亚尔迪的黄金牛角拔去。亚尔迪也承认了失败，让星矢先通过了金牛宫。接着紫龙、冰河及瞬也能通过亚尔迪的考验，一同向双子宫走去。来到了双子宫的紫龙等人，却看到星矢自双子宫走出来，原来，以为通过了双子宫的星矢又回到入口了。这一次大家一起闯入双子宫，像是走入了迷宫一样，走出来后又发觉回到了入口，而且这次还看到两座双子宫。於是星矢及紫龙一组﹔冰河及瞬一组，分别进入这两座双子宫。突然，双子座黄金圣斗士出现在冰河及瞬的面前。
第45集
冰河为了争取时间，向眼前的双子座黄金圣斗士出拳，但是他的绝技被反弹了回来，而瞬的锁链也陷入不安的状态。最后，冰河使出金光火焰旋风拳，可是再次反弹回来，把自己击倒了。另一方面，星矢及紫龙也遇上另一个双子座黄金圣斗士，由於紫龙的双目失明，没有被幻像迷惑，成功地带星矢闯过了双子宫。这时，瞬眼前的黄金圣斗士终於向瞬展开攻击，异次元幻觉拳把不醒人事的冰河送进了异次元空间去﹔而瞬则得到星云锁的保护，暂时在异次元之门挣扎。
第46集
当瞬几乎掉进异次元的时候，制做双子宫幻像的教皇突然被一股小宇宙袭击，令他对双子宫的控制中断，瞬亦回到了双子宫并看到出口的所在。原来救回瞬的就是一辉，他目前正在卡农岛的火山口疗伤，不过现在再次进入沉睡之中。教皇的幻觉又再出现，这次连星云锁链亦被切断了。就在瞬将要进入异次元的时候，领悟到第七感，令星云锁链苏醒，发挥出真正威力，突破时空，直接攻击身在教庭的教皇。幻觉消失后，瞬的面前只餘下一件双子座圣衣﹔另一方面，由异次元回来的冰河却遇到另外一位黄金圣斗士。
第47集
原来在冰河面前的就是水晶圣斗士的师父、冰河的师公，水瓶座卡妙。冰河从卡妙口中得知自己正身处天秤宫，同时也知道卡妙由水瓶宫前来是为了把自己收拾，於是师徒的一战立时爆发了。冰河的所有绝技也是由卡妙传给水晶圣斗士，再传给他的，所以在卡妙面前只是雕虫小技罢了。卡妙於是把冰河的妈妈沉於海中的深处，希望令到冰河发挥出真正的实力，可是冰河因为对妈妈的怀念反而无心战斗，一心死后回到妈妈的身边。最后卡妙唯有把冰河打败，并制做一副冰灵柩，把冰河的遗体永远保存於世上。
第48集
星矢及紫龙来到了巨蟹宫，感觉到到此宫阴深恐怖，并且发现有很多死人的面孔由地上、墙壁，甚至天花板上浮现出来。原来巨蟹座黄金圣斗士迪斯马斯克是一个杀人王，这些死亡面孔的人都是他所杀，不能安息而留於巨蟹宫的。紫龙为了争取时间，让星矢先闯过巨蟹宫，自己留下对付迪斯马斯克。不过接战后立即中了积气冥界波，被打进了死门关，紫龙还看到正在走向黄泉的冰河。紫龙得到雅典娜的帮助下，灵魂回到了巨蟹宫，令迪斯马斯克也大为吃惊。可是紫龙的升龙霸在五老峰上已被看穿，他更再次被冥界波打进冥界。
第49集
迪斯马斯克为了确实地消灭紫龙，自己亲自来到冥界对付紫龙，意图令紫龙从黄泉比良阪掉下通往死之国的入口。不过春丽在五老峰不断地为紫龙的安全祈，令到迪斯马斯克烦厌非常，於是用念力把春丽掉下瀑布中。但是此举令紫龙大为愤怒，立时燃起小宇宙，向迪斯马斯克作出凌厉的反击。
第50集
紫龙的反击未能把迪斯马斯克打败，就是因为迪斯马斯克身上穿的是黄金圣衣，具有优秀的防御能力，因此紫龙再次陷於苦战，而且正在鬼门关挣扎。后来，拥有正义意志的黄金圣衣自动脱离迪斯马斯克的身体，舍弃了他。紫龙也脱掉天龙圣衣，以究极的小宇宙把迪斯马斯克打进冥界。自己的灵魂回到巨蟹宫的同时，也发现视力回复正常，而且老师更告诉了救回春丽的消息，於是紫龙与瞬一同前往狮子宫。
第51集
星矢已来到了狮子宫，这一宫的黄金圣斗士果然是已发誓效忠雅典娜的艾奥里亚，可是艾奥里亚却不让星矢通过狮子宫，还向星矢使出光速拳，令星矢身受重伤。另一方面，魔铃从珍妮的口中知道了星矢他们已去了圣域决战，立时返回圣域，不过在圣域遇上了积奇，最终两人也掉下了悬崖。星矢感觉到魔铃的小宇宙，自已亦燃烧小宇宙，看到了艾奥里亚的光速拳，并成功击中艾奥里亚。
第52集
艾奥里亚受到星矢的一击后，突然双眼充满着杀气，使出闪电拳令星矢的右脚折断。星矢的速度减低后就只有捱打的份儿。另一方面，被艾奥里亚从日本带回圣域的莎尔得到卡西欧士的照顾，已续渐康复过来。她从卡西欧士的口中得知星矢等人已来到圣域，正在突破十二宫，现在星矢已抵达狮子宫一事。同时，在莎尔的逼问下，说出了惊人的秘密：当日艾奥里亚在教庭与沙加激战的时候，教皇向艾奥里亚偷袭，利用幻朧魔皇拳控制着他。莎尔闻言欲动身救星矢，不过被卡西欧士击晕了过去，而卡西欧士立时赶去狮子宫。
第53集
当紫龙及瞬前往狮子宫的途中，被卡西欧士袭击，与此同时，星矢受到艾奥里亚离子光速拳的攻击，变得一败涂地，看来已没有胜利的希望，而且生命也危在旦夕。就在这千钧一发之际，卡西欧士出现在狮子宫，并阻挡艾奥里亚，向星矢说出艾奥里亚受到幻朧魔皇拳所控制一事。要艾奥里亚清醒，就必需有人死在他的面前。最后卡西欧士用身体挡着星矢，捱了离子光速拳而死去，而艾奥里亚中了星矢的彗星拳后回复善良的本性。
第54集
艾奥里亚为星矢治疗右脚的伤后，提醒星矢小心下一宫处女宫的黄金圣斗士沙加，叮嘱千万别让他睁开眼睛。接着星矢、紫龙及瞬向处女宫进发。另一方面，加农岛来了一班圣域的杂兵，找着村庄的村长及他的孙女，逼他们说出一辉的所在。年老的村长不幸被杀，一辉赶来把所有杂兵解决掉。不过沙加的弟子孔雀座薛标及莲座亚歌拉出现袭击一辉，一辉受到沙加小宇宙的影响，身体不能动弹，被薛标的千手神音拳所伤，情况十分不妙。
第55集
一辉为了拯
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