分集剧情介绍：
十七年前，美国堪萨斯州斯穆尔镇有流星划裂天际从天而降，这段历史留给镇民无限创伤和秘密。从火烧灰烬中现身的克拉克，从少年到成年经历无数困境，逼使他不得不藉由超能力对抗不同形式的黑暗势力，也让这个小镇从流星雨降临的那天起，发生许多难以解释的现象。
第五季结束时，萨德侵占雷克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。雷克斯告诉兰娜他的新力量，二人的关系因而更紧密。克拉克明白制止萨德的唯一方法就是用佐劳尔留下的水晶匕首杀了雷克斯。然而他却下不了手。在犹豫不决之际，不慎开启直达萨德的通道，引来毁灭性的爆炸，把克拉克送到幽灵特区，由雷克斯和萨德留在现实空间里统治全世界。
克拉克必须想尽办法离开幽灵区，不幸的是失去所有超能力的他，在狱中遇到一群因克拉克父亲而入狱的囚犯。在千钧一发之时，克拉克父亲的前助理雷雅协助克拉克越狱。
因克拉克背叛而转投雷克斯怀抱的兰娜，对雷克斯渐渐产生好感，更加深克拉克和雷克斯之间的嫌隙。雷克斯深爱兰娜，心中的恶魔却随时间成长，为了拥有兰娜，雷克斯不得不隐瞒一些事实。
克拉克和雷克斯因为种种事故，再加上克拉克试图阻止雷克斯的危险行径，雷克斯却毫不领情，造成两人不仅做不成朋友，还变成敌人。
而在地球的另一端产生一位新的亿万富翁奥利佛。他没有超能力，不过却是位参加过奥运射击比赛的天生神射手。他凭借天赋劫富济贫，行侠仗义。奥利佛来自星城，他的目的是化解释放到地球的病毒。一天奥利佛与露意丝巧遇，奥利佛对她产生仰慕之情，同时发现克拉克有超能力，于是他希望克拉克能够加入他筹组的一个新组织──超级英雄同盟。
已连续制播五季的「超人首部曲」，赋予了超人神话典型人物新生命及新意义。第六季除了延续前五季的悬疑迷炫气氛外，还将带领所有超人迷共享一段穿越时空的惊险过程。超人漫画书中克拉克和雷克斯誓不两立的对立，一向最为书迷津津乐道，也将在第六季中完整呈现。
第1集：ZOD
紧接上一集，克拉克被捆PHANTOM ZONE，在里面超能力尽失，受到恐怖幽灵攻击，危急时刻，一神秘女子出现，用手中的\S/盾牌帮其解围。经过了解，得知她是氪星毁灭前被JOR-EL送进PHANTOM ZONE避难的秘书莱雅小姐，因此她认识被送往地球的KAL-EL，莱雅把逃离PHANTOM ZONE的方法告诉了克拉克。
被ZOD俯身的莱克斯，能力超群，呼风唤雨，誓要把地球的地壳重新翻整一遍，演变成氪星地貌。他也把实情告诉了想男人想得要死的拉娜，ZOD要求拉娜为他生产几窝仔，可以免于一死。但拉娜对幸福的追求是建立在天下太平上的，此时，拉娜的理智前所未有的占了情感的上峰，开始计谋ZOD.
北极，玛莎在坠机昏迷中醒来，发现露易斯仍旧不醒人世，就在求救不能的时候，玛莎发现了就在眼前的孤独城堡。在孤独城堡中，JOR-EL赐予了玛莎一把可以毁灭ZOD的刃刀，然后将她和露易斯一起传送回SMALLVILLE.
克拉克在莱雅的引导下，终于逃离了PHANTOM ZONE，代价是莱雅被刺，副产品是6个PHANTOM ZONE里的囚犯和幽灵一起跟克拉克来到了地球上。
那把毁灭ZOD的刃刀送到了拉娜手上，可惜该剧的英雄永远不会是她，刺杀ZOD的任务圆满失败了。克拉克在危急时刻登场，与ZOD开始了一场泣鬼神的天地大肉搏，克拉克终究是乳臭未干，不敌ZOD将军，跪于其下，蛮力不行用智力，克拉克最后用莱雅送给他的专门克制PHANTOM ZONE里囚犯的\S/盾牌，将ZOD驱回了囚禁地。
世界末日消除了，但与克拉克一起来到地球上的其它6个超级囚犯、幽灵，却在地球的一些角落蛰伏待发了。
第2集：Sneeze
Clark忙于从事大都会和Smallville小镇灾难后的重建，并第一次赶到了劳累。Martha认为Clark因为在Phantom Zone的时候失去了力量，因此也失去了抵抗力，很可能身患疾病。正如Martha所言，Clark患上了感冒，并打出了有生以来第一个喷嚏。在Clark喷嚏的作用下，谷仓的门被从墙上撕裂，消失在天空中。正在远处了慢跑的Lois突然看到身边落下一个似曾相识的门板，急忙跑到Kent农场报告这个奇怪的消息，却正好看到感冒中的Clark. Lana搬到Lex的城堡，而Lex发现有人跟踪自己，于是教给Lana如何在自己遇到不测之时寻求帮助。果然没过多久，Lex在电梯里被绑架，得知消息的Lionel Luthor急忙找到Clark，担心Lex回向绑架者说出Clark的秘密。Clark来到Lex城堡，惊讶的发现Lana住在那里。Lana拒绝提供任何信息，而暗地遵照Lex的指示联系私家侦探，而电话被屋外的Clark听到。因为无法和侦探取得联系，Lana独自翻阅Lex的物品试图找到线索，不料找到的却是Lex监控城堡各个角落的监视器。
Lois对自己的经历深感好奇，决定挖掘幕后的真相。不久Lois将自己对事件的调查写成了一份错字连篇的新闻，试图让Chloe帮忙发表到星球日报。Chloe只好编造气象学的术语为Clark隐瞒真相。Clark把偷听到Lana的电话内容告诉Chloe，Chloe通过检索互联网找到了幕后黑手的住处。与此同时，Lex被人捆绑在试验台上，绑架者试图令Lex解释为何可以只身闯入五角大楼，并不受子弹的威胁。Lex谎称自己实验室的血清使自己短暂变成超人。
Lana通过监视器上Lex和侦探的对话得知了绑架者的地点，只身前往寻找Lex，不料被绑架者抓获。Clark和Chloe来到互联网上找到的地点，发现房间中有一所暗室。因感冒极度虚弱的Clark无法撕开暗示的钢板隔墙，Chloe建议Clark像打喷嚏那样用力吹气吹开钢板。Clark尝试了Chloe的建议，发现果然威力惊人。按照在暗室里找到的照片，Clark赶往绑架者关押Lex的地点。与此同时，绑架者试图让Lana测试Lex编造的血清，Lana借机击倒绑架者，并抢下了对方的枪，正当Lana营救Lex的时候，绑架者再次袭击了Lana.尽管Lex制服了绑架者，但走火后的手枪引燃了房屋，Lex和Lana双双被困。
Clark赶到着火的房屋，利用自己新学到的本领吹走了屋内的氧气，大火即刻熄灭。生还的绑架者之一向自己的老板“绿箭”Oliver Queen报告发生的事情，并坚信是另一个有超能力的人熄灭了房间的火焰，绿箭责令手下继续调查。
对Chloe编造的气象理论将信将疑的Lois把自己的稿件拿到Smallville的小报去发表，Lois的第一篇稿件“Global Warming or Alien Invasion？”（全球变暖还是外星人入侵）诞生了。正准备和Clark去野餐放风筝的Chloe发现天空阴云密布即将下雨，于是叫来Clark吹开了天空中的所有乌云。
第3集：Wither
Chloe和Jimmy以追查神秘新闻事件的名义来到树林里约会，听到一对情侣传来的惨叫声。Chloe在树上发现一个女孩的尸体，而男孩则不知所踪。Lex准备召开一个化妆舞会为“黑色星期四”后的重建工作筹款，而Lana不愿面对自己目前居住在Lex城堡里备受关注的处境，没有心思准备自己出席舞会的礼服。Chloe把自己的发现告诉Clark，并坚持认为女孩受到的创伤不会是人类所谓，而是陨石造成。
“绿箭”Oliver Queen前来拜访身Martha，并带了资金支持，而Lois见Queen衣着平平，误认为对方是信差。在奚落Queen一番，并给了小费后，Lois打发Queen离开了Kent农场。与此同事，Chloe和Clark来到树林。Clark独自一人前往女孩失踪的现场，碰见了似曾相识的女护林员Gloria.Clark利用自己的透视能力找到了被树藤束缚的受害女孩的男友，Chloe惊讶的发现Clark的双手被树藤弄伤。在医院里，Chloe认为Jimmy不应该把受害者的诊断照片拍照并发表，Clark也认为单凭这种照片无法登上报纸的头版。
因为树林和Lex的植物园很近，Clark怀疑是Lex的公司在影响树林的植物，于是前去质问Lex.面对Clark的质疑，Lex郑重的向Clark宣布，再不需Clark向以前那样未经许可便进入自己的私人领地。为了证明自己能获得有价值的照片，Jimmy硬着头皮来到出事的树林拍照，却遇到神秘的护林员Gloria.Gloria露出本来面貌，控制树藤将Jimmy困在树林里。
知道自己闯祸了的Lois带着果篮去找Queen求情，Queen以Lois参加Lex的慈善舞会为条件，并拿出了实现准备好的服装。在医院，被救的男子房间里布满了树枝，而男子体内的也生长出植物。Chloe发现房间里的电源将树枝击成木炭，而Clark看到真正的护林员的尸体被晕运到了医院里，意识到Gloria是真正的幕后凶手，急忙赶往树林。
在树林里，Clark得知Gloria也是Phantom Zone的罪犯，在自己打开后门的时候逃到了地球。Gloria试图用人体种植植物，将地球变成植物的世界。Clark未能阻止Gloria，反倒被Gloria发出的树藤控制。在Lex的慈善舞会上，Queen、Lois、Lex和Lana纷纷到场，而Martha也如愿获得了Queen的资助。Chloe发现了树藤怕电的秘密，带着Lois的防身电棒救下了被困的Clark和Jimmy.Clark去追赶Gloria，并在Lex的植物园与Gloria遭遇。Clark利用双眼喷火破坏了植
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