在有平次出场的剑道比赛的中，有大学生被杀。最初尸体被发现的现场却找不到尸体，反而在其他：的地方发现了。平次在柯南等人到达比赛会场之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城游玩，结识了崇拜秀吉的同好会参加者。在大阪观光之后回到大阪城的柯南等又遇上了事件。得知这次的事件与13年前发生的烧死尸体案件有关之后的平次和柯南开始推理。
第264集 法庭的对决 妃VS小五郎（前篇）
小兰的母亲妃英理为一起杀人事件的被告作辩护。担当公诉人的女士是把英理视为对手的九条玲子。宇佐美坚持杀人事件发生时什么都不记得了。英理等人到宇佐美前妻经营的酒店去调查。小五郎说事件发生时宇佐美也在店里。
第265集 法庭的对决 妃VS小五郎（后篇）
宇佐美过去曾杀害过被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美对事件记忆不清，这样为案件辩护的英理看来没有胜望。小五郎虽是想证明宇佐美的不在场证明，却作为检察官方面的证人出庭。对疑点怀有疑问的柯南让小五郎作为辩护方证人再次出庭……
第266集 情人节的真相（事件篇）
兰与园子一起去深山中吹渡山庄。园子听说这个山庄以制作帮助恋爱成功的巧克力而出名。小兰与园子想要去那里作巧克力。这座山每年这个时间都会发现旁边放着巧克力的遇难尸体。传闻是雪女或者怪物所为。之后，他们去找在飞雪之中一直没有回来的二桓，而他已经被打死。
第267集 情人节的真相（疑惑篇）
吹雪之中，失踪了的吹渡山庄的住宿客人二恒的被杀遗体在森林中被发现。脸上全是血，而且还戴这太阳眼镜。接着在遗体旁边发现他的恋人-亚子这天所做的巧克力。柯南一行人回到吹度山庄开始推测杀害二桓的犯人。听说每年情人节期间都会有遇难者身边放着巧克力。客人中有一个人目击到带着黑色线帽的可疑男子……
第268集 情人节的真相（解决篇）
吹渡山庄的住宿客人二恒为何被杀？犯人又是谁？柯南看破了这个案件的手法，把小五郎弄睡后开始揭开谜底。解决二恒的遗体边的巧克力之迷的是前主人的爱犬。柯南知道两条狗经过山岳救助训练后，向着案件的轴心迈进。而后室内响起枪声，戴黑色线帽的男子出现……
第269集 犯罪的纪念品（前篇）
一个名叫护田的男子来到毛利侦探事务所。说是要找亡妻的手表，但听到毛利小五郎的名字又打算逃掉。
柯南与少年侦探团的孩子们代替毛利去找手表而来到护田的公寓。孩子们在公寓里找了几会也没能找到手。这期间，一个叫出月的中年女子借护田像电影院的音像房间来看录象带。柯南在找到手表的同时，在那个房间传来有东西破碎的声音。
第270集 犯罪的纪念品（后篇）
手表虽然找到了，但在护田家看电影的出月被杀害了。柯南确信护田就是凶手，推理出他不在现场却能杀人的手法。柯南特别注意戴黑色线帽的男子。
第271集 匆忙掩饰的省略（前篇）
小兰在英语老师朱蒂的教学中知道了『×』标记，但却不知其意。放学后，园子同朱蒂与柯南一起去咖啡店。突然大厦内停电，咖啡店边的电梯发现男性的尸体。是谁被杀了，而用血书写的『○×△』的资料带又有什么意味？是被害者留下的暗示吗？柯南向那个迷挑战！
第272集 匆忙掩饰的省略（后篇）
在电梯边被杀的中条写下暗号『○×△』。还有一个文字是在杀害现场的电梯踏板边的『□』。柯南从英语老师朱蒂的话中发现文字是一部分缺省。像记号般的文字。目暮警官拿着嫌疑犯的名单寻找…。
第273集 提问婆婆失踪事件
在公园与照顾猫的老奶奶大森静结识的柯南他们，次日按约定来帮忙。但是，静没有出现，好象从前天起就没回过公寓的样子。为此担心的柯南他们由于静打理家务的女仆人的阻扰而没能进静的家得到线索。就在一愁莫展之时，带着老婆婆丝巾的猫出现在柯南他们面前。
第274集 幽灵公寓的真相（前篇）
柯南他们从住在公寓的老人的话中对公寓内出没幽灵的事十分感兴趣，于是前往。那里是在4年前发生至今未解决的女性烧死案件的公园前的公寓。边上的大楼施工现场的施工住上吊自杀以来，工事也中断了。而在幽灵骚扰之后，只有4人居住的公寓内，3人看见过幽灵……
第275集 幽灵公寓的真相（后篇）
在出现幽灵的公寓，体验老人所说的怪现象的柯南他们被不喜欢幽灵的小兰马上带回了家。柯南利用科学解开2个迷团。但是，仍有两个无法说明。柯南从小五郎的手腕上停着的蛾子发现了犯人引起幽灵骚动的意图以及4年前女性烧死时间的关联。
第276集 警察手册丢失事件
柯南他们与正在公园找寻东西的高木刑事相遇。原来他在这里调解吵架后，不小心把遗失了警察手册。高木刑事调解的当事人之一是无名的歌手半崎，好象就住在公园附近。柯南他们分头找寻半崎，却不见他人影。正要放弃时半崎在公园里出现。
第277集 英语教师VS西部名侦探（前篇）
警察局的小五郎案件调查被盗。迷般的黑色组织也许就在附近。柯南怀疑杯户市酒店也许还有皮斯克的同伴，收集情报的美国女演员。与平次一起去可疑的外国女性、英语教师朱蒂家调查，这时从公寓上有名男性坠楼。
第278集 英语教师VS西部名侦探（后篇）
怀疑小兰的高中英语教师朱蒂是黑衣组织的成员而拜访公寓的服部平次与柯南，遇上朱蒂隔壁房间的主人高井坠楼摔死的案件。
确信密室状态的卧室从窗户坠落的高井不是自杀而是他杀的两人，在卧室调查中的平次接到和叶从大版打来的电话而明白犯罪手段的平次加上高井留下的证据。两人向目暮警官建议在卧室重现案发。
第279集 迷宫的阴暗（前篇）
柯南与少年侦探团与阿笠博士去看足球比赛。在归途中，遇见在看电视转播其他：比赛的赤野，他毒骂比赛中转会而遭观众嘘声的选手。赤野是上了看球黑名单恶名昭著的狂热不良分子。然而那个赤野在支持者混杂的电车内被杀害了。
第280集 迷宫的阴暗（后篇）
在柯南与少年侦探团的孩子们及阿笠博士看比赛归途的电车内，支持者赤野被杀。犯人确定在3个人之中。却没有决定性的线索。柯南从哀收看的比赛转播中得到提示，看穿了犯人的谎言。
第281集 小小的目击者们
元太、光彦、步美目击杀人事件。3人看见犯人所乘的轻型卡车，便潜入卡车跟踪至山林。听见挖掘洞穴及埋东西的声音。次日，柯南与小五郎造访卡车的所有方仓田运输，开始调查。
第282集 水流石庭的玄机（前篇）
柯南、小兰与小五郎因车子没汽油了，得到木山家具社长马岛的款待。社长家的宅院每天会流三次水的组合石庭。这天木山家具为了纪念1号店，聚集了众多相关者开宴会。而从设计石庭的前社长的儿子、木山智则开始，出席者仿佛都记恨马岛…
第283集 水流石庭的玄机（后篇）
在木山家具社长马鸟宅留宿的柯南他们，在他自傲的石庭中部发现横躺着的被绞杀的马岛社长。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足迹将尸体运到庭院中部？柯南还在与事件的迷作争斗的时候，小五郎说他已经明白了。
第284集 中华街 雨中的似曾相识（前篇）
小兰抽奖得到用餐券，柯南一行来到横浜的中华街。在目的地中华料理店内正巧遇上小兰的电影偶像斯考特，电影的制作人、导演、原作者、助理导演等招待柯南他们一起用餐。突然制作人川端表情痛苦，当即死亡。
第285集 中华街 雨中的似曾相识（后篇）
柯南他们在横浜中华街的中国料理店内结识的电影人川端在用餐时被毒杀。为了使警察不怀疑小五郎，也为了让身体突然不适的小兰及早进医院，要解开案件的迷的柯南开足马力向着案件的真相突进。
第286集 工藤新一NY事件（事件篇）
高烧倒下的小兰在神志不清中想起了与新一一起去纽约的事情。
新一与小兰乘新一的母亲--有希子的爱车前往剧场的途中高速行驶，结果超速被警察逮着。而将有希子解救的是化装成纽约市拉地休警官的女演员莎洛比亚德。
第287集 工藤新一NY事件（推理篇）
新一的母亲有希子带着15岁的小兰与新一在莎洛比亚德的介绍下来到百老汇的幕后参观。小兰救下差点被从天花板落下的铠甲击中的女演员罗斯，罗斯似乎怕有人要她的命而胆怯万分。
舞台剧开始后，以神话为题材的音乐剧达到高潮。舞台中央吊在空中扮演天使的男演员休斯胸部遭枪击身亡。
第288集 工藤新一NY事件（解决篇）
摆在新一的母亲-有希子及15岁的小兰与新一眼前的是百老汇音乐剧的主演在舞台被杀事件。嫌疑人应该是同舞台演出的4名女演员之一。
新一在舞台装置中发现羽毛后向着事件的真相迈进。有希子听过新一的推理后，在舞台开始解迷秀，将犯人推向绝境。
第289集 迷茫森林中的光彦（前篇）
光彦暑假没有来做广播体操，柯南他们造访光彦家，得知光彦一早就出去一个人去野营。实在没有理由来解释光彦的单独行动。柯南他们一路上问过去，才知道光彦搭乘巴士与电车来到群马县的一个小站。而且似乎是进入了森林。柯南他们用追踪眼镜开路，却遇到了群马县的警察他们。
第290集 迷茫森林中的光彦（后篇）
光彦姐姐朝美说，光彦声称广播体操之后要和大家一起去露营，一大早就出了门。而且是特地在背包里塞满了青团，又借用了朝美的防晒霜，带着钱包出发的。柯南留意到在光彦屋里找到的广播体操出勤卡上休息的都是星期天，由此判断光彦从很早开始就计划去某个地方远行。
追踪光彦而来到群马县山中的柯南他们，得知一名连续杀人犯逃入了同一森林中。沿着小河走的光彦与推理中的柯南用侦探徽章呼叫他时，光彦被杀人犯逮着。
哀告诉柯南沼渊原来是组织的成员。柯南正要告诉哀光彦来此的目的时，光彦的
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